盐城市第三人民医院儿科创建于1981年，至今已有44年历史，儿科为盐城市临床重点专科，儿科学为盐城市重点学科。是盐城市医学会儿科分会主任委员单位。是盐城市地区实力较强的儿科诊疗中心，多年来注重儿科临床、教学、科研协同发展，为南通大学硕士学位培养基地，同时也是国家住院医师规范化培训基地。

多年来，三院儿科注重各亚专业的建设与发展。先后成立了儿童保健、高危新生儿随访、生长发育、慢性咳嗽、遗尿、多动症、哮喘（变态反应）、消化、癫痫等专科专病门诊。小儿呼吸独立开展小儿纤维支气管镜、儿童肺功能、过敏原皮肤点刺试验、儿童呼吸睡眠监测等技术；小儿消化常规开展小儿消化内镜技术；小儿内分泌常规开展生长激素、性激素激发试验以及矮小症的生长激素规范治疗等；小儿神经开展儿童视频脑电图及儿童癫痫的治疗与随访；新生儿科常规开展新生儿换血、PICC置管、脐静脉置管、高频机械通气等技术。  

小儿血液、呼吸是苏州大学附属儿童医院专科联盟单位，分别建有苏州大学附属儿童医院胡绍燕、王宇清团队名医工作室。

儿科共开放床位58张，其中普儿科42张，新生儿16张，有门诊、急诊、普儿科病区、新生儿病区。专科门急诊近10万人次/年，年出院患儿3000余人次。

2020年以来儿科承担江苏省卫健委及盐城市科技局课题3项，获得江苏省卫健委医学引进奖及盐城市医学引进奖共6项，发表SCI及核心期刊论文20余篇。