药学部成立于1946年，原称药剂科。现为市重点专科，是全国“十三五”期间首批确定的11家国家不良反应监测哨点医疗机构之一，是全国临床合理用药示范基地，江淮GCP专科联盟常务理事单位，江海抗凝药学管理联盟成员单位，中华医学会临床药师培训中心，开设了盐城市首家有资质的PCCM咳喘药学服务标准化门诊。 药学部坚持高起点谋划、高标准实施，不断加强学科内涵建设，正在积极实现从传统的供应保障型向以病人为中心，保障供应与药学服务并重的新型工作模式的转变。

科室拥有第四代全自动发药机、智能贮药柜、全自动片剂分装机、针剂摆放机等现代化药房设备，大大提高了药学服务能力。

药学部现有职工106名。其中药学人员106名，主任药师7人，副主任药师11人，主管药师46人，药师35人，药士5人，未定级2人。其中研究生5人，硕士在读20人，本科生98人。科室有13名临床药师，分别进修了呼吸、心血管、抗感染、抗凝、抗肿瘤、通科、内分泌、和小儿用药等临床药学专业，取得师资证书的7名。

近五年来，完成市级科研项目6个，科研基金项目《常用抗癫痫药物血药浓度HPLC法的测定及临床应用》、《盐城地区临床常见致病菌的种类分析及抗菌素合理选择》和《去甲万古霉素的含量测定及群体药动学的临床研究》荣获市科技进步二等奖。《茶碱类药物人体药物浓度测定及个体化给药方案研究》课题荣获市科技进步三等奖。江苏省药学会课题《兰索拉唑联合奥曲肽对ERCP术后胰腺炎及高淀粉酶血症的预防研究》已结题。科研项目《互联网+处方审核在门急诊药房药学服务中的作用研究》获2016年盐城市医学新技术引进奖二等奖，2018年省级科研立项《噻托溴铵粉雾剂在稳定期COPD治疗中的研究》正在进行中。科室近五年内发表SCI论文5篇，核心期刊论文13篇，省级论文9篇。